Fá-lo do verbo fazer, falo do verbo falar e o substantivo falo pronunciam-se da mesma maneira em todo o lado, mas dificilmente gerarão confusão, principalmente o substantivo com as outras. Existem no Português mais de cem substantivos que coincidem com formas de verbos, e não me lembro de alguma vez ter compreendido mal ou ter visto alguém compreender mal. Talvez brincadeiras com palavras escolhidas a dedo como não cobres muito por esse cobre que já nada cobre gerem alguma perplexidade inicial. Além do mais falo com o significado de pénis é pouco usado.
Eu tenho a impressão que fá-lo é pouco usado na linguagem informal em Portugal, mas outros portugueses exprimiram aqui a opinião contrária. E depois de consultar um Corpus do Português cheguei à conclusão que fá-lo é muito mais frequente, na escrita, que qualquer outro verbo na mesma conjugação (olha-o vem num distante segundo lugar). Isto é em parte por o verbo fazer ser mais comum que os outros, mas não é só isso: fá-lo ocorre 168 vezes em cada mil ocorrências de fazê-lo enquanto a média para outros verbos é só 91. Curiosamente no Brasil é o contrário: os números correspondentes são 18 para fá-lo e 61 para a média dos outros verbos (os outros verbos que eu vi são trazer, dizer, tomar, apanhar, comer, ver, ouvir, escutar e olhar). Agora isto é na escrita. Na fala poderá ser algo diferente, até porque fá-lo, tal como trá-lo e di-lo são formas irregulares, e há até quem não as saiba bem ou tenha crescido com formas alternativas: faze-o, traze-o e dize-o.
Quanto a substituir fá-lo por o faz, isso é possível no Brasil (exceto na norma culta quando a frase começa pelo verbo), mas não em Portugal. O teu professor está enganado a esse respeito. No exemplo seguinte:
"Quem é que faz o bolo?" pergunta a Ana. "Fá-lo o Miguel, que tem jeito para bolos," sugere o Paulo.
em Portugal não é possível, ou pelo menos nunca ouvi, "O faz o Miguel ..." É possível, pelo menos informalmente, omitir o pronome e dizer "Faz o Miguel..." Noutros contextos, fá-lo pode ser substituído por faz isso:
Alguém tem que que explicar a situação ao tio.
O João fá-lo = o João faz isso.
Mas repito, estas alternativas a fá-lo não resultam do receio de confusão com o substantivo falo. Se fosse assim, o que é que faríamos com o falo de falar. Ainda por cima, neste caso a possibilidade de confusão existiria, não só na fala, mas também na escrita!