Não encontrei nada que definitivamente obrigue a preceder o etc. de vírgula, mas a grande maioria dos escritores e gramáticos é assim que escrevem. Vejam por exemplo Pontuação do etc. do Prof. Cláudio Moreno. A justificação da vírgula vem de a generalidade dos falantes do português, tal como os de outras línguas, mesmo os que sabem que etc. é abreviatura de et cetera, entenderem etc. com uma palavra só, e o et como a primeira sílaba dessa palavra e não como uma palavra autónoma equivalente ao nosso e.
Aliás, se nós ficássemos presos à origem da expressão, não poderíamos dizer coisas como, «o Pedro, o João, a Maria, etc.» porque cetera significa outras coisas, não outras pessoas. E há quem defenda isto mesmo, que não se use etc. para listas de pessoas. O gramático brasileiro Celso Pedro Luft observou ironicamente que, se quiséssemos ser mesmo fieis à origem da expressão, não a poderíamos usar para nada, porque cetera é neutro, e nós só temos substantivos femininos e masculinos. (Seria tão incorreto como dizer, «o João, o Pedro e outras».)
A quem queira omitir a vírgula eu recomendo o seguinte teste de coerência. Escrevo abaixo duas frases deliberadamente sem qualquer pontuação. Como é que as leem?
(a) Podes trazer o cão o gato o canário e os outros
(b) Podes trazer o cão o gato o canário etc.
Agora vejam como é que entoam as frases, nomeadamente onde é que fazem pausas. Eu vou dizer o que é que eu faço. Em (a) faço pausa só a seguir a cão e a gato; em (b) faço também a seguir a canário. Se não fizesse pausa entre canário e etc., pareceria que estava a falar do canário etecétera, isto é, um canário chamado etcetera. Como eu não pontuo de acordo com regras arbitrárias, antes indico com pontuação na escrita as pausas da fala, escrevo:
Podes trazer o cão, o gato, o canário e os outros.
Podes trazer o cão, o gato, o canário, etc.
Portanto eu recomendo que, por coerência, escreva «canário etc.» quem pronuncie canário et cetera sem pausas (como pronunciariam canário e outros) tomando conscientemente e pronunciando o et como equivalente a e; e escreva «canário, etc.» quem fizer a pausa entre canário e etc.
Em trabalhos académicos é comum abreviar listas longas de coautores, como «Alves, Bastos e Costa» para «Alves et al.» Et al. é abreviação do latim et alii, que significa e outros. Aqui ninguém escreve vírgula, e coerentemente toda a gente pronuncia «Alves et al. sem pausas, tal como pronunciaria «Alves e outros».