Celso Cunha e Lindley Cintra dizem na Nova Gramática do Português Contemporâneo (Lisboa, 2014, p. 823) o seguinte:
A posição dos parênteses com referência aos sinais pausais obedece à seguinte norma constante dos acordos ortográficos luso-brasileiros: «Quando uma pausa coincide com o início da construção parentética, o respetivo sinal de pontuação deve ficar depois dos parênteses; […]
Vejamos um exemplo. Comecemos com uma frase sem parênteses:
Chico da Mouraria ensina que «esta vida são dois dias», aforismo repetido à exaustão pela sua legião de admiradores.
Se agora introduzirmos, na frase acima, o título da obra e página entre parênteses, a pontuação não se altera; se quisermos o parêntese junto à vírgula, terá de ser antes dela:
Chico da Mouraria (Memórias, p. 987) ensina que «esta vida são dois dias», aforismo repetido à exaustão pela sua legião de admiradores.
Chico da Mouraria ensina que «esta vida são dois dias» (Memórias, p. 987), aforismo repetido à exaustão pela sua legião de admiradores.
Celso Cunha e Lindley Cintra contintuam:
[…] mas, estando a proposição ou frase inteira encerrada pelos parênteses, dentro deles se põe a competente notação».
Este assunto foi tratado nesta pergunta, mas eu deixo aqui um exemplo:
Chico da Mouraria ensina que «esta vida são dois dias». (É provável que este Chico da Mouraria seja inteiramente fictício.) Este aforismo é repetido à exaustão pela sua legião de admiradores.