Há duas possibilidades gramaticalmente corretas:
(a) Versão em português.
(b) Versão portuguesa.
Em (b) temos o adjetivo portuguesa, que tem que concordar em género com versão.
Em (a), português é substantivo: a língua portuguesa. A preposição em é necessária para ligar os dois substantivos. É como dizer "versão em língua portuguesa." Do mesmo modo:
Bíblia em português
Tradução em português ou tradução portuguesa
Declaração Universal dos Direitos Humanos em português.
Agora, na net encontra-se com grande frequência "versão português." A única maneira de entender isto gramaticalmente é considerar português como o nome da versão, à semelhança de versão A. Para mim, isto é aceitável num nome dum produto, especialmente com maiúsculas, como em Netscape Versão Português. Já numa canção com versões em várias línguas, Ingênua (versão português) parece-me uma alternativa desleixada ou "moderna" a Ingênua (versão portuguesa) ou (versão em português).