Em linguística, um fonema é a menor unidade sonora (fonológica) de uma língua que estabelece contraste de significado para diferenciar palavras. Por exemplo, a diferença entre as palavras PRATO e TRATO, quando faladas, está apenas no primeiro fonema: /P/ na primeira e /t/ na segunda.

O fonema não pode ser confundido com letra. Enquanto o fonema é o som em si mesmo, a letra é a representação gráfica desse som. É bastante comum que um mesmo fonema seja representado por diferentes letras, como o caso do fonema /z/ que no português pode ser representado pelas letras S (CASA), Z (ZERO) ou X (EXAME). Também acontece de uma mesma letra representar mais de um fonema, isso acontece por exemplo, com a letra X que no português pode ter o som (fonema) de /z/ (EXEMPLO), /chê/ (ENXAME), /s/ (APROXIMAR) e /ks/ (FIXO).

Obs.: na escrita os fonemas devem sempre ser representados entre barras. Isto é o que os distingue das letras. Ao se escrever uma letra sem barras, está se referindo a letra em si mesmo, e não ao fonema.

Nem sempre há coincidência entre o número de letras e o número de fonemas em uma palavra. Exemplos:

TAXI - letras T A X I = 4, fonemas /t/ /a/ /k/ /s/ /i/ = 5

MANHÃ - letras M A N H Ã = 5, fonemas /m/ /a/ /nh/ /a/ = 4

Algumas letras, em determinadas palavras, não representam fonemas. Por exemplo o N e o M nas palavras "VENDO" e "BOMBA" não representam um som isolado, mas servem para indicar a nasalização da letra que lhes precede.

Algumas palavras são escritas com letras que não possuem qualquer som e, portanto, não representam nenhum fonema, como o caso do H em palavras como "HARMONIA" ou "HOJE", s em palavras como "NASCER" ou "DISCÍPULO" ou u nos grupos gu e qu seguidos de e ou i, em palavras como "GUERRA" e "QUERO" e o x em palavras como "EXCEÇÃO" ou "EXCEDER". Essas letras são conservadas na escrita, embora não apareçam na oralidade por razões etimológicas.

Fonte: Fonema - Wikipedia