As palavras facto e fato são um caso de dupla grafia, mas simplesmente porque possuem a mesma semântica. E aA dupla grafia nem semprenão implica que ambas as formas possam ser usadas tanto no português de Portugal como no português do Brasil. Tal como indicado na resposta do Eduardo Fernandes, deve-se na mesma respeitar a regionalidade: em Portugal o c em facto é pronunciado, enquanto que no Brasil não é, ficando fato.
O Vocabulário Ortográfico Português (VOP) do Portal da Língua Portuguesa esclarece logo esta situação e muitas outras. Ao entrar no site verão a barra de pesquisa do VOP no canto superior direito. Pesquisando por facto, é indicada a variante do acordo ortográfico "fato" (está em "variante AO"). Em fato, observamos a seguinte nota: "Enquanto variante AO, esta forma apenas é aceite no Brasil."
O VOP permite pesquisar por todos estes casos mais bicudos. Por exemplo, o mesmo se aplica a contacto e contato, onde muitos portugueses erradamente acabam por escrever contato. Como o c é pronunciado no português de Portugal, deve-se continuar a escrever contacto.