**Ambas as formas estão corretas**.

No entanto o significado é ligeiramente distinto.

*As flores têm sua beleza*: Indica que todas as flores têm uma beleza típica. Vê-se assim que a beleza das flores é uma característica comum a todas as flores (sendo beleza um substantivo abstrato). Não é a mesma coisa que dizer os homens têm seu carro (que significa que todos os homens deste contexto possuem um carro que pertence a um terceiro), mas sim "os homens têm sua masculinidade" ou "os macacos têm sua esperteza".

*As flores têm suas belezas*: É parecido com a primeira forma, porém neste caso as flores têm mais de uma forma de beleza. Outro exemplo que ilustra isso seria "as obras de arte têm suas interpretações".