Alguns gramáticos aceitam a regência direta do verbo obedecer, outros não, mas todos aceitam a voz passiva. A aceitação da regência direta advém do seu uso por alguns autores antigos.
Isto é bem explicado no Dicionário de Verbos e Regimes de Francisco Fernandes (gentilmente disponibilizado por Bfavaretto). Na entrada obedecer, acerca da regência direta vem:
Não obstante condenado por alguns autores de boa nota, é comum encontrar-se nos clássicos antigos o verbo OBEDECER construído com objeto direto: “Tudo o que o Senhor tem falado faremos e OBEDECEREMOS.” ([João F. ]Almeida, Êxodo, 24, 7.) (…) “Quem me ama (diz Cristo) OBEDECERÁ e guardará meus preceitos.” ( [Padre António Vieira, Sermões] VII, 160.) Com a voz passiva, porém, é construção universalmente aceita: “A ordem foi OBEDECIDA.”
Ambos os autores citados nesta passagem são do século XVII.
Já o Professor Paulo Fernandes não se limita a descrever a posição dos outros e, citando o Dicionário prático de regência verbal de Celso P. Luft, afirma que obedecer "pode ser usado na regência direta - obedecer alguém - ou indireta - obedecer a alguém."
A InfoEscola, que diz que obedecer é transitivo indireto mas que pode ser usado na voz passiva! "A fila não foi obedecida."
Para mim pessoalmente, valha isso o que valer, "obedecer um comando" ou o "comando foi obedecido" não me choca, mas "obedecer o comandante!?" Acho que precisaria dalgum tempo para me habituar.