Naturalmente, a exceção invalida a regra. Se a exceção confirmasse a regra teríamos que aceitar como verdadeiras as regras seguintes.
Os mamíferos não voam. Os morcegos confirmam esta regra.
O espanhol é a língua oficial nas capitais nacionais americanas a sul do equador. Brasília confirma esta regra.
Pode talvez argumentar-se que a regra não tem que ser absoluta, que pode ser tendencial. Vejamos uma exemplo mais próximo dos usos reais. Pedro afirma que é muito pontual, e Rita diz-lhe que ainda na terça-feira ele chegou meia hora atrasado. E ele naturalmente responde "isso é a exceção que confirma a regra." Ele poderia argumentar que a regra é tendencial, que ele é quase sempre pontual, e portanto o atraso na terça feira não invalida a regra da sua pontualidade. Nós podemos aceitar isto. Mas se não invalida, também não confirma. Nós, depois de sabermos que o Pedro chegou atrasado na terça feira, não vamos dizer "sim sim, claro, este atraso confirma que o Pedro é pontual."
Então a pergunta é Qual é a origem da expressão a exceção confirma a regra? E com que significado é a expressão usada atualmente? Pois já vimos que o significado literal é falso.
Entretanto encontrei a mesma discussão no SE.ELU: the exception that proves the rule.