A frase está gramaticalmente correta. Se faz sentido no contexto, é que eu não posso dizer, porque não tenho o contexto. Uma maneira intuitiva de desmontar a frase é assim:
Cada empresa tem o valor.
Qual valor?
O valor que merece ser negociado.
O constituinte que merece ser negociado é uma oração subordinada adjetiva restritiva que modifica o nome valor, e o valor que merece ser negociado é o complemento direto de tem.
A alternativa que tu propões ― “cada empresa tem o valor que merece ser negociada” ― é que é muito estranha; por duas razões. Nesse caso, a empresa é que merece ser negociada, mas a ordem dos termos é estranhíssima, porque a oração subordinada (a negrito) fica separada do nome que modifica; o normal seria:
Cada empresa que merece ser negociada tem o valor
Depois, a empresa tem o valor? Qual valor? Na frase original, nós sabemos que é o valor que merece ser negociado.
Há casos em que a tua questão realmente se põe. Por exemplo, as duas frases seguintes estão corretas:
(a) Comprei um banco de madeira muito rara.
(b) Comprei um banco de madeira muito raro.
Em (a), a madeira é que é rara (à parte disso, o banco pode nem ter interesse; podemos querer desmontá-lo e aproveitar a madeira para outra coisa); em (b) o banco, que até pode ser de madeira barata, é que é raro. Repara que, ao contrário da tua alternativa, muito raro/a fica em qualquer dos casos junto ao nome que modifica, só madeira em (a), banco de madeira em (b).