Em Portugal é mais natural vossa do que sua; no Brasil, como já diz, o Stafusa, o natural é sua. Vejamos. Vossa é possessivo de vós:
Vós sois uma inspiração para mim. Adoraria trabalhar na vossa instituição.
Ora este tratamento por vós basicamente caiu em desuso. Ainda será usado no dia a dia por alguns falantes no norte de Portugal e em algumas ocasiões muito solenes: alguns sacerdotes usam-no nos serviços religiosos. De resto o vós foi substituído por pronomes de tratamento como vocês ou os senhores, que gramaticalmente são da terceira pessoa:
Os Senhores são uma inspiração para mim. Adoraria trabalhar na sua instituição.
E no Brasil é isto. Em Portugal é mais complicado. Tal como no Brasil se mistura você com teu, em Portugal mistura-se vocês e o senhor com vosso. E esta mistura está generalizada e é aceite (exceto por uma minoria em vias de extinção) mesmo em ocasiões formais (vê esta pergunta). Em Portugal o exemplo abaixo soa bem mais natural do que soaria com sua em vez de vossa:
Os Senhores são uma inspiração para mim. Adoraria trabalhar na vossa instituição.
Dei uma vista de olhos pela net, e também se faz esta mistura (notem o verbo na terceira pessoa) em Angola (“Senhores empresários e empreendedores, ocupem os vossos espaços”, Jornal e Angola, 2019), em Moçambique (“imagino a vossa frustração quando estão perante um paciente”, Associação Médica de Moçambique, 2015) e em Cabo Verde (“agradecemos a vossa presença. Sintam-se, pois, em casa”, Tarrafal, 2021.
Quanto ao Vossa Excelência, isso é uma fórmula cristalizada vinda dos tempos em que se usava vós. Tanto para te dirigires a várias pessoas, como para te dirigires respeitosamente a uma pessoa só (D. Pedro, vós sois uma inspiração para mim), daí ser Vossa Excelência e não Tua Excelência.
