Não se diz *ninguém não (o asterisco, *, indica construção errada). Há duas maneira de fazer a tua pergunta:
Ninguém ligou enquanto estive fora?
Não ligou ninguém enquanto estive fora?
Mas é errado dizer *ninguém não ligou enquanto estive fora? Ou seja, se começamos a frase com não, temos de acrescentar ninguém depois do verbo (se não, não se saberia de quem estávamos a falar); mas se começamos a frase com ninguém, já não podemos acrescentar um não.
Passa-se o mesmo com nada, nenhum e nunca:
Não se passou nada
Nada se passou
[Errado:] *Nada não se passou
Não entrou aqui nenhum gato
Não entrou aqui gato nenhum
Nenhum gato entrou aqui
[Errado:] *Nenhum gato não entrou aqui
Não fui nunca à China
Nunca fui à China
[Errado:] *Nunca não fui à China
Encontrei uma explicação engraçada neste Estudos de Língua Portuguesa de José Augusto de Carvalho, a propósito do ninguém. Diz ele que se começarmos a oração negativa com não, precisamos de acrescentar um sujeito depois do verbo: “não saiu José” ou “não saiu ninguém”, em que José e ninguém são os sujeitos das orações. Mas se começarmos a oração com o sujeito, fica “José não saiu”, mas simplesmente “ninguém saiu”, porque o sujeito ninguém já nega a oração.
Não me parece que isto seja uma explicação completa, mas pereceu-me engraçada. É preciso acrescentar que em muitas línguas não são possíveis duas negações numa oração. Por exemplo, no inglês padrão, é errado *I didn’t see nobody; tem de ser I didn’t see anybody. Mas no português é ao contrário: não pode ser *não vi alguém; tem de ser não vi ninguém. A segunda palavra tem de concordar com o não. Chama-se a isto concordância negativa.