Pelo que sei, a palavra "ciência" vem do latim "scientia", que era falado como "squiêntia". No inglês, se escreve "science", por causa da etimologia. Nambos, "sc" é falado como "s" e, "t" é escrito como "c" e falado como "s".
Então, por que, em português, se escreve "ciência" ao invés de "sciência", já que, em outras palavras, manteve "sc" pela etimologia? Por exemplo: "adolescente", "nascer", "descer".
Até ao princípio do século XX escrevia-se sciencia. O s foi eliminado (e o acento circunflexo introduzido) com a reforma ortográfica de 1911 em Portugal e o Acordo Ortográfico de 1943 no Brasil. A eliminação do s foi parte da eliminação das consoantes mudas. Do mesmo modo, assumpto passou a assunto, theatro a teatro, etc.
No caso de consciência, nascer, descer, o que se passa é que esses ss não são mudos em Portugal: essas palavras são pronunciadas como conchciência, dechcer, nachcer. Por exemplo, para um português florecer e florescer soam diferentes.
No caso brasileiro, o Formulário Ortigráfico de 1943 diz o seguinte (IV Consoantes Mudas; negrito meu):
Não se escrevem as consoantes que se não proferem: asma, assinatura, ciência, sdiretor, ginásio, inibir, inovação, ofício, ótimo, salmo, e não asthma, assignatura, sciencia, director, gymnasio, inhibir, innovação, officio, optimo, psalmo.
Observação — Escreve-se, porém, o s em palavras como descer, florescer, nascer, etc., e o x em vocábulos como exceto, excerto, etc., apesar de nem sempre se pronunciarem essas consoantes.
O “nem sempre se pronunciarem essas consoantes” indica que por vezes se pronunciavam. Agora, o que eu não sei é se nessa altura quem pronunciava esses ss eram só os portugueses, e o formulário manteve o ss na escrita em atenção às necessidades de Portugal (o formulário brasileiro de 1943 resulta de um acordo entre Portugal e Brasil) ou se também no Brasil havia quem os pronunciasse.
Muito dessas palavras que mudaram, altera a pronúncia "sciência" era falado "chiência" a palavra "director" muda também, era mudo mas o "c" servia para aumentar a vogal, sem o "c" fica "dirêtor" em vez de "dirétor"
