Frequentemente normas institucionais ditam apenas que se use a norma padrão do português e, portanto, como ambas as formas são corretas, não estaria errado nesse caso usar a acentuação de qualquer das variações da língua portuguesa.
Como coloca o Portal da Língua Portuguesa, sobre o Acordo Ortográfico de 1990:
sendo cada forma variante de uma palavra oficialmente aceite como representante válida da língua portuguesa como um todo
Dito isso, não raramente a variação que deve ser adotada é especificada pelas normas (da universidade, empresa, agência, etc.), caso em que as grafias correspondentes devem ser utilizadas. E, mesmo quando não explícito, a mistura das variações (e.g., pt-PT e pt-BR) em geral deve ser evitada, dado o estranhamento que tende a causar. Como coloca o site citado acima:
Isto não implica, portanto, que todas as formas de cada palavra sejam igualmente aconselháveis em todos os espaços geográficos.
Essa mistura não é recomendada devido à possibilidade de ser causa de distração ou, especialmente no contexto do ensino da língua, de confusão. Se a mistura de variações for adotada, é via de regra recomendado manter ao menos a consistência interna do texto, ou seja, evitar alternar entre pt-PT e pt-BR para a grafia de uma mesma palavra.
