Entre as duas, o mais correto seria "procedemos". "Como procedemos?" seria equivalente a "O que fazemos agora/Como agimos agora/Que passos devemos tomar?".
Não acredito que alguém use o termo "procederemos" nesse contexto. Entre as duas, o mais comum e natural seria sempre utilizar o verbo no presente - "procedemos" - ainda que, gramaticalmente, ambas as frases estejam corretas.
Existe ainda a possibilidade de usar o infinitivo impessoal ("Como proceder?"), se, por exemplo, se se está a relatar o momento em que essa dúvida surgiu a terceiros:
Portanto, perante X
, surgiu a dúvida: "Como proceder?". Depois de avaliarmos as opções, optamos por fazer Y
.
No entanto, no meio de um diálogo, utilizar-se-ia:
O colega Y
depara-se com este problema e pergunta aos restantes colegas: "Como procedemos?".
pois o objetivo do colega seria obter uma resposta do grupo e estabelecer uma estratégia naquele instante.