These two sentences:
(1) Como é que se diz "NNN"?
(2) Como se diz "NNN"?
Are equivalent in meaning. There is no particular "emphasis" in (1). The difference is one of register: a sentence like (1) is typical of the spoken language and (2) of the written language.
Wh-questions with é que developed both in European and Brazilian Portuguese in the second half of the 1800s. It was not a feature of the previous period of the language, called Classical Portuguese.
Since the second half of 1900s, questions with é que are strongly predominant in spoken European Portuguese; the main exception being questions with the copula ser like:
(3) Qual é o maior?
Although you could also see a question like:
(4) Qual é que é o maior?
On the other hand, it would not be idiomatic to replace a sentence like Quando é que vens? by Quando vens? -- the second sounds quite a bit off.
One important difference between the two constructions is that the relative position of the verb and the subject change in the two constructions (this applies only to European Portuguese). Without é que, an inversion is mandatory in direct questions:
(5) Como se chama o rapaz?
(6) Quando vai a empresa investir em Espanha?
This is the same movement that occurs in English: notice that in (6) only the auxiliary verb moves.
Questions with é que are generally in the Subject-Verb order:
(7) Como é que o rapaz se chama?
(8) Quando é que a empresa vai investir em Espanha?
Although the Verb-Subject configuration also occurs with unaccusative verbs or, likewise, passive constructions:
(9) Como é que é se partiu a chávena?
(10) Como é que a chávena se partiu?
(11) Como é que isso aconteceu?
(12) Como é que aconteceu isso?
(13) Onde é que foi enterrado o corpo?
(14) Onde é que o corpo foi enterrado?
Reference: A Sintaxe Diacrônica das Interrogativas-Q do Português