Eu pontuaria assim:
Eu viajo, em média, uma vez por semana quando estou trabalhando, e até duas vezes por semana quando estou de férias.
Lembre-se, no entanto, de que esta não é a única possibilidade. Tudo depende do estilo. No caso, estou usando a expressão "em média" entre vírgulas para destacá-la, para dar uma certa entonação à frase pelo uso das pausas (vírgulas identificam pausas). Mas você poderia optar por não usar estas vírgulas e dizer simplesmente
Eu viajo em média uma vez por semana quando estou trabalhando, e até duas vezes por semana quando estou de férias.
Como mencionei, é questão de estilo. O que você NÃO pode fazer é usar somente uma vírgula. Seriam formas incorretas de usar a vírgula com uma expressão explicativa como "em média":
Eu viajo, em média uma vez por semana ...
ou
Eu viajo em média, uma vez por semana ...
A vírgula do trecho abaixo se justifica já que "e" no caso não é uma adição ao fato anterior e sim uma contraposição.
quando estou trabalhando, e até duas vezes
Sua pergunta é muito boa, pois textos com excesso de vírgulas podem ficar mais difíceis de serem compreendidos. Ao usar vírgulas, faça-o com cuidado! Use-as, pois são úteis, fundamentais, mas não exagere!