As duas versões—vales-compra e vales-compras—são aceites. O Michaelis é único dicionário em que encontrei vale-compra, e admite estes dois plurais. Mas substantivos compostos análogos aparecem também com os dois plurais em vários dicionários, incluindo o Houaiss, e na Academia Brasileira de Letras:
Vale-refeição. Plural: vales-refeição ou vales-refeições;
Vale-transporte. Plural: vales-transporte ou vales-transportes.
No entanto a Nova Gramática do Português Contemporâneo de Celso Cunha e Lindley Cintra (Lisboa, 2014), apresenta um argumento, a que eu sou sensível, a favor de vales-compra. É o seguinte. Um vale-compra é um vale; não é uma compra. Logo o substantivo compra, na linguagem da Nova Gramática (p. 249), “funciona como um determinante específico”, ou seja determina o tipo de vale. Nestes casos, diz a Nova Gramática, apenas o primeiro elemento toma a forma de plural. Isto, em oposição a nomes como tios-avôs ou tenentes-coronéis, em que ambos os substantivos estão em pé de igualdade, tomando ambos a forma de plural.
Agora, como vimos, esta regra não é seguida por autoridades com o peso do dicionário Houaiss ou a Academia Brasileira de Letras, que indicam os dois plurais para substantivos compostos em que na Nova Gramática apenas o primeiro recebe a forma de plural ver esta pergunta sobre o assunto. Outros exemplos com a mesma lógica—o segundo substantivo apenas determina o tipo do primeiro—que quer no Houaiss quer na Academia admitem os dois tipos de plural:
Salário-família. Plural: salários-família ou salários-famílias:
Mestre-escola. Plural: mestres-escola ou mestres-escolas.
Peixe-espada. Plural: peixes-espada ou peixes-espadas.
O Aulete opta por uma terceira forma: substantivo de dois números o/os vale-compras! Não vejo como justificar esta opção. Por um lado não sei se alguém diz o vale-compras; segundo, os vale-compras implicaria tomar vale como verbo—como o/os saca-rolhas, o/os limpa-vidros—mas não vejo por que fazer isso quando o substantivo vale (Aulete²) está mais que consagrado.
A aceitabilidade dos dois plurais—vales-compra e vales-compras—está na linha do que eu já tinha constatado na minha resposta a esta pergunta sobre o plural de nomes compostos. Finalmente nota que o Manual de Redação d’O Estado de S. Paulo não está em oposição com o blog, o Houaiss ou a Academia Brasileira de Letras. Um manual de redação pode simplesmente anunciar a sua preferência entre as várias alternativas gramaticais. E é isso que, perante os factos, eu faço: prefiro os vales-compra pelas razões avançadas lá em cima.