Depende de a quem perguntares, mas cada vez mais «você quer que eu te ligue» é aceite no Brasil, tal como «vocês querem que eu vos ligue» o é em Portugal.
Com pronomes de tratamento — você, vossa mercê, vossa excelência, vossa majestade, etc. — a gramática tradicional prescreve a concordância na terceira pessoa. Isto vem dos tempos em que perante um interlocutor importante, por uma questão de respeito, em vez de falares diretamente dele, falavas de algum aspeto dele: a majestade dele, a excelência dele ou a mercê dele. Logo, é como estares a falar de uma terceira entidade, e utilizas portanto a terceira pessoa — era como se estivesses a falar da esposa dele. Compara:
Tu queres que eu te ligue?
Vossa esposa quer que eu lhe ligue?
Vossa mercê quer que eu lhe ligue?
E do mesmo modo no plural:
Vós quereis que eu vos ligue?
Vossas esposas querem que eu lhes ligue?
Vossas mercês querem que eu lhes ligue?
Entretanto vossa mercê passou a vossemecê e vosmecê e a você, mas a concordância foi-se mantendo na terceira pessoa. Só que mais recentemente aconteceram uns desenvolvimentos interessantes. Com você, o pessoal manteve a conjugação verbal na terceira pessoa, mas começou a usar pronomes oblíquos e possessivos da segunda pessoa. No Brasil isto aconteceu no singular; em Portugal, apenas no plural:
Brasil: você quer que eu te ligue?
Portugal: vocês querem que eu vos ligue?
Portugal mantém a concordância tradicional no singular (você é sempre com lhe; o te, só com tu). No Brasil no plural, tende-se a evitar o pronome oblíquo com a locução para você (ver a outra resposta), mas eu também encontrei a concordância tradicional no Google (vocês com lhes).
O que não faltam por aí são pedagogos a condenar a mistura de você e vocês com pronomes da segunda pessoa. Veja-se este artigo no Gramaticalhas (2004), mais a propósito da situação brasileira; e este no Ciberdúvidas (1998) a propósito de Portugal, que diz:
Não podemos fazer misturas do género «estou aqui para vos dizer o que vocês não sabem»
Continua que deve ser «para vos dizer o que vós não sabeis» ou «para lhes dizer o que vocês não sabem». Mas em Portugal ninguém quer saber deste conselho; nem mesmo o Presidente da República, que é professor catedrático da Universidade de Lisboa. Ei-lo aqui num discurso no Congresso dos Revisores de Contas (2016). Notem o verbo na terceira pessoa, que tem implícito um pronome de tratamento:
E por falar na nossa economia, deixem que vos enuncie três pistas de reflexão
Eu diria que em Portugal vocês vem maioritariamente com vos, ao ponto de algumas pessoas se interrogarem se lhes é correto (consulente do Ciberdúvidas). Os colegas brasileiros dizem que no Brasil você vem também maioritariamente com te, e neste artigo de Sua Língua uma consulente interroga-se igualmente se lhe pode ser usado com você.