Panelinha no sentido de “grupo fechado” parece vir da locução fazer panelinha com alguém, que significa “associar-se a alguém, tramar alguma coisa com alguém), que poderá vir da ideia de “cozinhar e comer em conjunto”.
O dicionário da Academia das Ciências de Lisboa define panelinha:
s. f. (De panela + suf. inha) 1. Dim. de panela 2. Fam. Acordo secreto, conluio entre várias pessoas, normalmente para fins pouco honestos. ≈ Tramóia. Fazer panelinha com alguém; estar de panelinha com alguém. 3. Grupo de pessoas que tomam parte nesse acordo. Pertencer à panelinha. 4. Qualquer grupo muito fechado. ≈ Capelinha.
Procurei no Corpus do Português e no Google Books, e encontrei panelinha no sentido de “grupo fechado” apenas a partir do final do século XIX. A primeiro exemplo é de 1872, na Revista do Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro (ênfase minha; o mapa de Waldzeemüller é o primeiro onde aparece o nome América):
Quanto ás obras em que se occupou da America, cumpre-nos dizer que, fóra da panelinha de Waldzeemüller, foi Jo. Schöner o primeiro que, publicamente e pela imprensa, aceitou a designação d'aquelle nome
O primeiro dicionário em que encontrei panelinha com este sentido, “grupo”, é o de Cândido de Figueiredo de 1913 (é possível que apareça também no de 1899, mas eu não tenho o segundo volume). Mas a locução fazer panelinha aparece em dicionários anteriores, nomeadamente no Tesouro da Língua Portuguesa do Frei Domingos Vieira de 1871, no dicionário de António Morais da Silva de 1831, num dicionário anónimo de 1817 e no Vocabulario Portuguez & Latino de Rafael Bluteau de 1720. O dicionário Houaiss indica 1720 como o ano da ocorrência mais antiga do sentido figurado de panelinha, portanto deve referir-se a este dicionário do Bluteau (grafia original):
PANELINHA. Panella pequena de barro. [Tradução em latim.]
Panelinha. Dos que se frequentaõ , & praticaõ muyto huns com os outros , costumamos dizer , que fazem panelinha. Fazer panelinha com alguem. [Tradução em latim.]
O dicionário de António Morais da Silva de 1831 já aponta para a ideia de tramóia (murmurações):
Panelinha s. f. dimin. de Panella. § Fazer panelinha com alguém, frase vulg. Associar-se-lhe, praticar, e conversar familiarmente sobre negócios, ou murmurações.
Em todos estes dicionários, 1720, 1817, 1831 e 1871, panela vem também com o significado figurado de “comida”:
Panela , toma-se vulgarmente pelo comer , e sustento ordinario. Bom he tratar da panela. [Bluteau, 1720.]
Portanto parece-me muito plausível que a locução fazer panelinha com alguém no sentido de “associar-se, tramar com alguém” venha da ideia de cozinhar e, por implicação, comer em conjunto, o que implica grande intimidade. Note-se que cozinhar tem hoje também o significado de “tramar, maquinar ardilosamente” (Aulete 6). Esta ideia está de acordo como uma passagem de 1806-9, que é a primeiro exemplo que eu encontrei de panelinha com o significado de “acordo”, e que aparece inserido numa grande metáfora culinária. É um dos muitos despachos curiosos de D. Francisco Mello Manoel da Camara, governador e capitão general do Estado do Maranhão e Grão-Pará de 1806 a 1809, aqui publicado em 1892 na Revista trimestral do Instituto Historico e Geográfico Brazileiro:
Por não me saborear bem a panelinha temperada pelo Revdo. Pároco, pelo juiz e seu escrivão, concedo a licença.