Pelos vistos a pronúncia de subsídio tem dado que falar no Brasil: já deu artigo na Veja, na Sua Língua do Prof. Cláudio Moreno e na Gramaticalhas.
A pronúncia tradicional, e portanto considerada mais correta, é com o som /s/ (de sapo) e não /z/ (de zona). Esta é aliás a pronúncia do s após letra consoante, exceto em palavras como transição, transigência, transação, transalpino, etc., e também em obséquio e derivados; nestas palavras o s é pronunciado /z/.
Agora, os artigos da Veja e Sua Lingua confirmam que muitos brasileiros, 95% na impressão pessoal do Prof. Moreno, pronunciam a palavra como subzídio. O Prof. Moreno diz que o mesmo tende a acontecer com subsistência e subsistir. (Não creio que isto aconteça com estas palavras em Portugal, mas pergunto-me se não acontecerá com observar, observação.)
Os artigos da Veja e Sua Língua observam contudo que desvios generalizados à pronúncia considerada correta numa época tendem a tornar-se na pronúncia oficial em época posterior. O Prof. Moreno sugere que esta tendência de alterar a pronúncia de certos s para /z/ «revela a atuação de alguma força concreta e irresistível».
A pronúncia é governada em parte pela lei do menor esforço. Eu pergunto-me se quem pronuncia subsídio como subzídio não tenderá, ao falar, a fazer a separação silábica entre su e bsí, em vez de entre sub e sí. É muito fácil pronunciar /bz/ (os dois sons são sonoros, isto é, são produzidos com vibração na garganta) e /ps/ (os dois sons são surdos, sem vibração na garganta), mas /bs/ e /pz/ são difíceis de pronunciar de seguida. Para quem faça a separação silábca entre sub e si, a dificuldade não existe. É claro que também não existe para quem separa o sub do sí com um i epentético (subissídio), como é muito comum no Brasil, e nesse caso a dificuldade também não existe.