Certas ambas estão, e a resposta anterior já dizia isso, asserção com a qual eu concordo plenamente!!
Quanto à semântica, arrisco-me a propor uma resposta diferente: depende!
Em alguns contextos, como os exemplificados, este "não" combinado com o "será" parece dar um sentido de expectativa presumida. Quando usamos a interjeição "será" de forma interrogativa, estamos muito frequentemente lançando uma dúvida. Ex:
- O João vai passar de ano!
- Será?
E quando dizemos "será que ...?", normalmente estamos lançando uma dúvida sobre a asserção que procede o "será que".
Então, com base nisso, eu concluo que a pessoa que fala:
Mas será que ela não vai ficar brava?
Ela lança a dúvida sobre a hipótese de ela NÃO ficar brava, ou seja, ela acredita que a pessoa FICARÁ brava, mas tem dúvidas.
Já quando a pessoa fala:
Mas será que ela vai ficar brava?
Ela lança a dúvida sobre a hipótese de ela FICAR brava, ou seja, ela também está em dúvida, mas acredita mais na hipótese de que a pessoa NÃO ficará brava.
Por estas razões, acredito que sim, hajam diferenças no sentido expressado.