Seu, sua, seus, suas, agree in gender and number with the thing possessed, but the possessor could be ele, ela, eles, elas, or the person you talking to if you’re addressing them by você, o senhor, or other pronome de tratamento. Dele, dela, deles, delas, agree only with the possessor (ele, etc., but not você, etc.), so it is often unambiguous where seu, etc. would be ambiguous.
If you’re addressing, say Sr. Silva, by você or other pronome de tratamento, one would interpret seu as Sr. Silva’s, unless context makes it clear it is otherwise. Take the examples:
(a) Bom dia Sr. Silva, estive a falar com o João acerca do seu problema.
(b) Bom dia Sr. Silva, estive a falar com o João acerca do problema dele.
In (a) we mean Sr. Silva’s problem; in (b) João’s problem.
From now on assume you’re addressing the person you’re talking to by tu, so we can more easily discuss other uses of seu. When I imagine myself talking to a friend, I’ll use dele rather than seu in most contexts. So, yes, in many contexts seu will sound somewhat formal, whereas dele never does:
(c) A Maria levou-me ontem à terra dela.
(d) O João esteve a contar-me os problemas dele.
(e) Não precisas de ir buscar a Ana. Ela vem no carro dela.
When the context makes it clear whom the thing we’re talking about belongs to, we typically use neither seu nor dele:
(f) A Ana foi jantar fora com a irmã. A irmã sujou a camisa com vinho.
(g) O Pedro perdeu as chaves do carro. Teve que pedir boleia à namorada.
It is clear we’re talking of Ana’s sister, her sister’s shirt, Pedro’s car, and his girlfriend. These also sound more natural than the alternatives with seu or dele. And in (f) I would think camisa dela would be the sister’s shirt, but wouldn’t be completely sure.
Seu is the only option with indefinite pronouns:
(h) Cada um vem no seu carro.
(i) Ninguém revelou a sua intenção.
(j) Toda a gente quer o melhor para os seus filhos.
(k) Todos têm que cumprir as suas obrigações.
(l) Todo o ofício tem o seu saber. (Every trade/craft has its own know-how.)
You could drop seus in (j) though. If we use a pronome de tratamento, as with Sr. Silva, (i) and (j) would be ambiguous: we could be talking of Sr. Silva’s intention and children. To make clear that is not the case, we could say:
(i1) Falei com o pessoal, Sr. Silva, mas ninguém revelou a respetiva intenção.
(j1) Claro, Sr. Silva, toda a gente quer o melhor para os seus próprios filhos.
(j2) Claro, Sr. Silva, toda a gente quer o melhor para os filhos.
In writing and formal speech seu is used more extensively than in informal spoken language. Some writers though hate the use of seu when dele would do.