Um professor de português, professor Kaiser, disse que estes verbos são formados pela unificação de 3 verbos do latim, cada um. Estes verbos latinos não continham todas as pessoas (defectivos). Logo, estes verbos se tornaram anómalos em português por conter radicais diferentes em suas conjugações.
Segue um texto retirado do site Ciberdúvidas:
O radical é o constituinte da palavra com significado lexical que não inclui afixos de flexão, mas que pode incluir afixos derivacionais. Os verbos irregulares afastam-se do modelo de conjugação dos verbos regulares, apresentando alterações no radical e/ou nas suas desinências. Os verbos ser e ir são verbos muito irregulares, ou seja, têm uma flexão com diferentes radicais.
O verbo ser tem origem nos verbos latinos esse e sedere, e por isso apresenta radicais diferentes em formas como s- (somos, sou), er- (era) e com f- (fui, fora), que assentam no verbo latino esse, bem como se-, de sedere (seja, serei ou seria).
A flexão do verbo ir tem por base o fenómeno denominado supletivismo verbal, uma vez que provém de três verbos latinos diferentes apresentando formas com os radicais: ire (ia, irei, iria, indo, ido), vadere (vou, vais, vai, vamos, vão; vá, vás, vades) e fu- (radical do sistema do perfeito do verbo esse, «ser» — fui, fora, fosse, etc.).