Observe que ambos os termos são advérbios de lugar, expressam a ideia de um local ou posicionamento.
Onde traz o significado de "em qual lugar", podendo ser utilizado também para se referir a um termo anterior na frase funcionando de modo similar a "que" com função de pronome relativo.
Onde estou?
Onde você vai morar?
"O meu lugar é onde você quer que ele seja."
Moro em uma cidade onde as pessoas não são loucas.
Aonde traz o significado de "para qual lugar", "para onde"; pode ser considerado como a simples junção da preposição a ao advérbio onde (a + onde = aonde). Portanto será usado para indicar movimento, transmitindo a ideia de lugar para o qual se vai.
Aonde eu vou?
Aonde você foi ontem?
Não te interessa aonde vou.
"Todos os caminhos estão errados quando você não sabe aonde quer chegar."